cBioPortal的原始数据获取

发布于 2022-02-18  385 次阅读

cBioPortal中的文章相关数据都存放在这里：https://github.com/cBioPortal/datahub/tree/master/public

第一步 获取需要的数据

wget https://github.com/cBioPortal/datahub/raw/master/public/prad_su2c_2019/data_mrna_seq_fpkm_capture.txt

 

第二步 读取数据

f_name_dedup <- function(lc_exp, rowN = 1){
    res <- lc_exp[-rowN]
    lc_tmp = by(res,
         lc_exp[[rowN]],
         function(x) rownames(x)[which.max(rowMeans(x))])
    lc_probes = as.character(lc_tmp)
    res = lc_exp[rownames(res) %in% lc_probes,]
    rownames(res) <- res[[rowN]]
    res[-rowN]
}

 

d <- read.table('data_mrna_seq_fpkm_capture.txt', header = T, sep = '\t', allowEscapes = T)
d <- f_name_dedup(d)
d <- d[,order(colnames(d))]

 

第三步 导出需要的基因

write.csv(t(log1p(d[c('RPLP0', 'GAPDH'),])), file='prad_su2c_2019.csv.csv')

 

一枚爱好探索的医学生