通过UCSC下载TCGA甲基化数据

UCSC Xena是一个集分析、可视化、数据集下载等功能的在线数据分析和可视化平台。 现有142个队列的1604个公共数据集包括TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等，不同的数据集之间精不同的标准化方法可以相互比较。（陈浩）

选择数据集

下载数据

• ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &
• wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://tcga-xena-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/TCGA.PRAD.sampleMap%2FHumanMethylation450.gz

读取数据

methy <- read.table( gzfile("TCGA.PRAD.sampleMap%2FHumanMethylation450.gz"), header = T, row.names = 1)
saveRDS(methy, 'methy_PRAD.rds')