NCBI-GEO：SRA文件转FASTQ文件

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通过conda安装纯净环境的sra-tools

conda create -n sra_tools -c bioconda sra-tools
conda activate sra_tools
conda install -c conda-forge pigz -y
prefetch
wget https://github.com/rofl0r/proxychains-ng/releases/download/v4.16/proxychains-ng-4.16.tar.xz
tar -xvf proxychains-ng-4.16.tar.xz
cd proxychains-ng-4.16
./configure –prefix=$HOME/dev/proxychains4 –sysconfdir=$HOME/etc
make && make install
make install-config
添加正确的代理
~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &
~/dev/proxychains4/bin/proxychains4 -f ~/etc/proxychains.conf curl www.github.com

批量下载SRA文件

mkdir upload/zl_liu/sra/GSE172205
cd upload/zl_liu/sra/GSE172205
通过 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=<GSE_ID> 得到 <SRP_ID>
通过 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=<SRP_ID> 搜索 <SRP_ID>
下载 Total 的 Accession List，上传到 upload/zl_liu/sra/GSE172205 目录下
vdb-config -i 设置http代理，网络好也可以不设置
prefetch –option-file SRR_Acc_List.txt

批量转换为FASTQ文件

#!/bin/sh
#任务名
TASKN=GSE172205
#设置根目录
ROOTDIR=/home/jovyan/upload/zl_liu/sra/GSE172205
#设置CleanData存放目录
CLEAN=$ROOTDIR/$TASKN
 
mkdir $CLEAN
for  file in `cat SRR_Acc_List.txt`
do
echo $file
mkdir $CLEAN/$file
cd $CLEAN/$file
fasterq-dump --split-3 $ROOTDIR/$file -e 16
pigz -p 16 *
done