复旦高性能计算 (一) Linux无root权限安装软件：以R为示例

发布于 2021-09-19  557 次阅读

第一步 ssh登录到终端

推荐使用 FinalShell 或 MobaXterm

或者 PowerShell 也可以用，下面是 PowerShell 优化SSH连接体验的方法

  • 打开 C:\Users 找到自己的 home，比如我是C:\Users\11248
  • 新建 C:\Users\11248\.ssh 目录，或打开已有的这个目录
  • 新建 config 配置文件，并且没有后缀名
  • 记事本打开 C:\Users\11248\.ssh\ config
  • 添加内容 ServerAliveInterval 60 并保存
  • 按下 win+R 快捷键
  • 输入 powershell 确定
  • 输入 ssh userName@server 回车，如 pi@192.168.1.2 或 pi@raspberrypi

第二步 建立相关文件夹

  • bin: mkdir ~/zlliu/bin
  • lib: mkdir ~/zlliu/lib
  • include: mkdir ~/zlliu/include
  • 源码存放位置libsource：mkdir ~/zlliu/libsource
  • 软件存放位置dev：mkdir ~/zlliu/dev

第三步 安装编译器

  • 下载 https://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/gcc/gcc-11.1.0/gcc-11.1.0.tar.gz 并通过ssh上传到 libsource 目录
  • 打开 libsource 目录：cd ~/zlliu/libsource
  • 解压 gcc-11.1.0.tar.gz：tar -zvxf gcc-11.1.0.tar.gz
  • 进入 gcc-11.1.0 目录，创建 gcc-build 目录：cd gcc-11.1.0 && mkdir gcc-build
  • 安装依赖库：./contrib/download_prerequisites
  • 编译前配置：cd gcc-build && ../configure --prefix=$HOME/zlliu/dev/gcc11 --enable-checking=release --enable-languages=c,c++,fortran,d,go,lto,objc,obj-c++ --disable-multilib
  • 编译并安装：make -j8 && make install
  • 创建动态链接1：ln -s /home/rqzhang/zlliu/dev/gcc11/lib64/lib* ~/zlliu/lib/
  • 创建动态链接2：ln -s /home/rqzhang/zlliu/dev/gcc11/bin/* ~/zlliu/bin/
  • 创建动态链接3：ln -s /home/rqzhang/zlliu/dev/gcc11/include/* ~/zlliu/include/
  • 修改 ~/.bash_profile 文件，添加如下内容：
    Makefile编译选项CC与CXX/CPPFLAGS、CFLAGS与CXXFLAGS/LDFLAGS
export PATH=$HOME/zlliu/bin:$HOME/zlliu/lib:$HOME/zlliu/include:$PATH:$HOME/.local/bin:$HOME/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/zlliu/lib/
export LIBRARY_PATH=$HOME/zlliu/lib/ 
export CPLUS_INCLUDE_PATH=$HOME/zlliu/include/
export C_INCLUDE_PATH=$HOME/zlliu/include/
export BOOST_ROOT=$HOME/zlliu/dev/boost

export CC=$HOME/zlliu/bin/gcc
export CXX=$HOME/zlliu/bin/g++
export FC=$HOME/zlliu/bin/gfortran

export CXXFLAGS="-ggdb -pipe -Wall -pedantic -I/home/rqzhang/zlliu/include" 
export CPPFLAGS='-I/home/rqzhang/zlliu/include'
export LDFLAGS='-L/home/rqzhang/zlliu/lib -Wl,-R/home/rqzhang/zlliu/lib'
  • 激活配置：source .bash_profile
  • 测试是否成功：gcc --version

第四步 编译安装R

  • 下载R语言安装文件：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/
  • 上传解压进入并创建r-build目录
  • 编译配置：../configure --prefix=$HOME/zlliu/dev/r4 --enable-R-shlib --with-x=no --with-cairo
  • 编译并安装：make -j8 && make install
  • 创建动态链接1：ln -s /home/rqzhang/zlliu/dev/r4/bin/* ~/zlliu/bin/
  • 创建动态链接2：ln -s /home/rqzhang/zlliu/dev/r4/lib64/R/lib/lib* ~/zlliu/lib/
  • 测试是否成功：R --version

第五步 依次解决编译过程中的依赖缺失报错

  • 修改 config.site 文件
    nano -K ../config.site
    CPPFLAGS='-I/es01/paratera/sce2622/include'
    LDFLAGS='-L/es01/paratera/sce2622/lib'
  • configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available
    下载源码：https://ftp.gnu.org/gnu/readline/?C=M;O=D
    tar -zxvf readline-master.tar.gz
    ./configure --prefix=$HOME/dev/readline
    make -j8 && make install
    ln -s /es01/paratera/sce2622/dev/readline/lib/lib* ~/lib/
    ln -s /es01/paratera/sce2622/dev/readline/include/* ~/include/
    下载源码：https://ftp.gnu.org/gnu/termcap/
    安装同上
  • configure: error: bzip2 library and headers are required
    下载源码：https://sourceforge.net/projects/bzip2/files/
    make && make install PREFIX=$HOME/dev/bzip2
    ln -s /es01/paratera/sce2622/dev/bzip2/lib/lib* ~/lib/
    ln -s /es01/paratera/sce2622/dev/bzip2/bin/* ~/bin/
    ln -s /es01/paratera/sce2622/dev/bzip2/include/* ~/include/
  • configure: error: "liblzma library and headers are required"
    下载源码：https://tukaani.org/xz/
    安装同上
  • configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support
    下载源码：http://www.pcre.org/
    安装同上
  • configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https
    确保有 openssl
    下载源码：https://curl.haxx.se/download.html 
    whereis openssl
    ./configure --with-ssl --prefix=$HOME/dev/curl
    安装同上
  • 编译安装新版make
    下载源码：https://ftp.gnu.org/gnu/make/
    安装同上
  • 编译安装binutils
    下载源码：https://ftp.gnu.org/gnu/binutils/
    安装同上
  • libbz2.a(blocksort.o): warning: relocation against memset@@GLIBC_2.2.5' in read-only section.text'
    修改bzip2-1.0.6的Makefile文件 
    CC=gcc ---> CC=gcc -fPIC
    LDFLAGS= -L/es01/paratera/sce2622/lib -Wl,-R/es01/paratera/sce2622/lib
    重编译 bzip2
  • libtermcap.a(tparam.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
    处理同上

第七步 删除无效软连接

#! /bin/bash

read path

if [ -z $path ] 
then
    echo "please enter scan path"
    exit 
fi 
for file in $(find $path -type l) 
do
    if [ ! -e $file ]
    then
        echo "rm $file"
        rm -f $file
    fi 
done

一枚爱好探索的医学生