scVelo准备2：从cellranger得到loom文件
123456789101112conda activate velocyto#!/bin/bashdb=/opt/cellranger/refdata-gex-GRCh38-2020-Awork=/home/jovyan/upload/zl_liu/data/data/resrmsk_gtf=/opt/cellranger/GRCh38_rmsk.gtf # 从genome.ucsc.edu下载
使用SCTransform标准化
安装包 conda create -n seurat -c conda-forge r-seurat=4.1.1 -y conda activate seurat conda install -c conda-forge r-tidyverse -y conda install -c conda-forge r-irkernel -y Rscript -e “IRkernel::inst
使用Bootstrap法计算自举置信区间
计算药物LD50用Bliss法最严谨，而改良寇氏法计算的结果误差也不大，因此做了一次改良寇氏法计算LD50的实验。最后需要计算一下结果的可信区间，于是来试试万能的Bootstrap法 安装包（这个例子用不上） conda activate MICE conda install -c conda-forge r-boot=1.3_28 -y 构造样本组别 剂量 mg/kg 动物
从ENI数据库下载fastq文件
进入ENA Browser，搜索对应的GSE号，进入study项目，选择TSV格式的Download report。 从TSV表格中提取下载链接，一行一个写入url.txt，前面加上ftp://，接着使用wget -c -i url.txt下载 来自科研小徐的文章中的批量重命名脚本： 1234ls *.fastq.gzcut -d '_' -f 1while read i ;
cellranger定量：One Library, Multiple Flowcells
If you have a library which was sequenced across multiple flowcells, you can pool the reads from both sequencing runs. Follow the steps in Running Multi-Library Samples to combine them in a single ce
NCBI-GEO：SRA文件转FASTQ文件
来源https://www.jianshu.com/p/8322e00a9f8a https://zhuanlan.zhihu.com/p/353530857 https://github.com/rofl0r/proxychains-ng 通过conda安装纯净环境的sra-tools conda create -n sra_tools -c bioconda sra-tools conda
使用JTK_CYCLE算法分析生物节律
JTK是一种非参数检测程序，能从芯片数据中检测循环转录本。除了计算每个转录本最佳的相位(LAG)、振幅(AMP)和周期(PER)外，JTK还计算了置换检验P值(ADJ.P)和Benjamini-Hochberg q值 (BH.Q)。与常规的周期检测算法相比，JTK具有更好的检验效能、更高的计算效率和更强的鲁棒性。R语言的metacycle包实现了ARSER、JTK_CYCLE、Lomb-Scarg
华为云对象存储使用记录
wget https://obs-community-intl.obs.ap-southeast-1.myhuaweicloud.com/obsutil/current/obsutil\_linux\_amd64.tar.gz tar -zxvf obsutil_linux_amd64.tar.gz cd obsutil_linux_amd64_5.3.4/ chmod +x o