实用免疫学(一)概述 人体免疫可分为固有免疫、适应性免疫和黏膜免疫。 固有免疫固有免疫是机体抵御病原体感染的第一道防线,无严格选择性,可对入侵的病原体迅速产生应答,并参与后续适应性免疫的启动、效应和调节。 适应性免疫适应性免疫分为B细胞介导的体液免疫和T细胞介导的细胞免疫。 黏膜免疫黏膜系统由黏膜上皮组织、黏膜相关淋巴组织、肠道共生菌群构成,参与免疫耐受的形成。 2022-02-19 巨塔砖石
R语言-有序分类logistic回归 第一步 获得数据12345678910111213141516171819202122232425262728293031323334353637383940f_TCGA_gleason_grade <- function(primary_gleason_grade, secondary_gleason_grade){ primary_gleason_grade <- 2022-02-18 巨塔砖石
通过conda安装纯净环境的Logistic分析包 https://xianxiongma.github.io/Clinical-model/chapter2/chapter2.html conda create -n logistic -c conda-forge r-base=4.1.2 conda activate logistic conda install -c conda-forge r-irkernel=1.3 2022-02-18 超算基础
GEOquery (二) raw_counts转fpkm 第一步 下载基因长度信息https://file-cdn.limour.top/bix/22.02.18.tcga_rowRanges.csv.gz 第二步 读取基因长度信息1grg <- read.csv('22.02.18.tcga_rowRanges.csv') 第三步 构建counts转fpkm函数123456789101112131415f_counts2fp 2022-02-18 组织测序分析
cBioPortal的原始数据获取 cBioPortal中的文章相关数据都存放在这里:https://github.com/cBioPortal/datahub/tree/master/public 第一步 获取需要的数据1wget https://github.com/cBioPortal/datahub/raw/master/public/prad_su2c_2019/data_mrna_seq_fpkm_capture.txt 2022-02-18 组织测序分析
GEOquery (一) 获得基因矩阵 第一步 定义注释函数123456789101112131415161718192021222324252627282930f_getGPL <- function(lc_GPLN, lc_local = F){ options(stringsAsFactors = F) if (!file.exists(lc_GPLN)){dir.create(lc_GPLN 2022-02-18 组织测序分析
Typora编辑器 + PicGo图片管理 + 阿里云OSS + cloudflare 实现自建图床 第一步 Typora中启用PicGo.app 文件-偏好设置-图像-上传服务 下载安装PicGo.app并启用 第二步 新建OSS Bucket,并配置专用管理子账户 https://oss.console.aliyun.com/overview 创建和阿里云服务器同区域的Bucket 权限管理-防盗链 设置好Referer;注意:必须带上https://,如https: 2022-02-17 建站探索
通过conda安装纯净环境的GEOquery conda create -n geo -c conda-forge r-base=4.1.2 conda activate geo conda install -c conda-forge r-irkernel=1.3 conda install -c conda-forge r-biocmanager=1.30.16 R BiocManager::install 2022-02-16 超算基础
SummarizedExperiment(三)counts转dds 1234567891011121314151617181920f_SCE_2DDS <- function(assayN='HTSeq - Counts', ...){ sceList <- list(...) condition <- NULL countData <- NULL colData <- NULL 2022-02-16 组织测序分析