TCGA突变数据使用记录（一）

数据下载，从cBioPortal

• 从cBioPortal找到相应的数据，并从github下载
• ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &
• wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://github.com/cBioPortal/datahub/raw/master/public/prad\_tcga/data\_mutations.txt
• tmp <- read.table(‘data_mutations.txt’, header = T, sep = ‘\t’, allowEscapes = T, quote = ‘’)

数据下载，从TCGA

• 访问TCGA，在文件类型中过滤maf，访问权限中过滤open，case中过滤感兴趣的组织
• 加入到cart，然后可以直接下载tar.gz，也可以下载manifest，然后使用官方工具下载
• 后续可以使用Maftools进行分析