第一步 明确CSOmap所需的数据 先读readme，里面描述了输入数据的格式 label.txt：细胞标注表，格式如图 LR_pairs.txt：受体配体表，格式如图，用CSOmap自带的也行 TPM.txt：TPM标注化的表达矩阵，格式如图，第一行得用\t开头 第二步 导出CSOmap所需的数据123456789101112131415161718192021222324

第一步 构建 21.09.21.SingleR.R1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787980818283848586878889909192

1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859library(Seurat) ##library(SingleR)library(ggplot2)library(reshape2)library(SeuratData)pbmc

第一步 加载程辑包12345# 0、加载程辑包library(Seurat)library(dplyr)library(patchwork)library(ggplot2) 第二步 配置路径1234567# 配置数据路径root_path = "~/zlliu/R_data/21.07.15.IntegrateData"# 配置结果保存路径output_path = &quo

第一步 构建 21.09.20.SingleR.R1234567891011121314151617181920212223242526272829303132333435363738394041424344454647484950515253545556575859606162636465666768697071727374757677787980818283848586878889909192

第一步 下载所需的参考数据集 确定目标：Human Multiple Cortical Areas SMART-seq 下载：Gene expression matrix 和 Table of cell metadata 123mkdir Human_Multiple_Cortical_Areas_SMART-seq && cd Human_Multiple_Cortical_A

第一步 导入程辑包123456library(Matrix)library(Seurat)library(plyr)library(dplyr)library(patchwork)library(purrr) 第二步 配置数据路径工作路径1234567# 配置数据和mark基因表的路径root_path = "~/zlliu/R_data/hBLA"# 配置结果保存路径out

第一步 安装 Cairo包 第二步 .Rprofile 文件添加以下内容 1options(bitmapType='cairo') 第三步 ~/.local/share/jupyter/kernels/ir/kernel.json 12345{ "argv": ["/home/rqzhang/zlliu/dev/R/R_s/l

安装BiocManager：install.packages("BiocManager", repos="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/" ) 为BiocManager添加镜像：options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/b

下载并解压核心 Xray-core 配置文件示例，xui2.json： 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445464748495051525354555657585960616263646566676869707172737475767778798081828384858