TCGA突变数据使用记录（一）
数据下载，从cBioPortal 从cBioPortal找到相应的数据，并从github下载 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json & wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://github.com/cBioPortal/datahub
蛋白质组学TCPA数据集使用记录
获取数据 进入TCPA的下载页面选择感兴趣的L4数据 unzip TCGA-PRAD-L4.zip 清洗数据f_dedup_IQR 123456tcpa <- read.csv('tmp/TCGA-PRAD-L4.csv')type <- as.numeric(substr(tcpa$Sample_ID, 14, 15))tcpa <- subset(tcp
oncoPredict包进行药物敏感性预测
安装包 conda create -n oncoPredict -c conda-forge r-base=4.1.3 conda activate oncoPredict conda install -c conda-forge r-tidyverse -y conda install -c conda-forge r-irkernel -y Rscript -e “IRkernel:
Cmap药物数据库使用记录
Connectivity Map（Cmap）为一个基因表达数据库，由哈佛、剑桥大学和麻省理工学院研究人员构建，利用不同干扰物（包括小分子）处理人类细胞后的基因表达差异，建立一个干扰物、基因表达和疾病相互关联的生物应用数据库。研究团队认为以基因表达谱所建立的基因、疾病与药物的关联性，可协助研究者在药物研发领域上，快速利用基因表达谱数据比对出与疾病高相关性的药物、推论大部分药物分子的主要结构，并能够归
通过UCSC下载TCGA甲基化数据
UCSC Xena是一个集分析、可视化、数据集下载等功能的在线数据分析和可视化平台。 现有142个队列的1604个公共数据集包括TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等，不同的数据集之间精不同的标准化方法可以相互比较。（陈浩） 选择数据集 下载数据 ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json &am
ReactomePA试用
安装补充包 conda activate clusterprofiler ~/dev/xray/xray -c ~/etc/xui2.json & wget -e “https_proxy=http://127.0.0.1:20809“ https://github.com/YuLab-SMU/ReactomePA/archive
让NPM面板只允许CDN回源IP访问
之前用docker安装NPM面板，并套上了CF的免费CDN，做好了规则防护。现在还差一个防止通过固定Hostname然后扫描全网ip来反查源站的保护。 123456789101112131415161718#!/bin/bash/usr/sbin/iptables -I DOCKER-USER -p tcp -m multiport --dports 80,443 -j DROP/usr/sbi